雅安三九的前身是创立于1958年的雅安制药厂，至今已经历57年历史。1995年，原三九企业集团与原雅安制药厂共同组建成立了雅安三九药业有限公司。2007年，华润集团重组三九集团，雅安三九也随之成为华润集团的下属公司之一。
华润集团总部位于香港，2011年央企综合财务指标排名第5位，2012年名列《财富》世界500强第115位，在医药、零售、啤酒、电力、地产、燃气领域已建立行业领先地位。重组后的三九集团于2010年正式更名为华润三九，目前是华润医药板块的主要支柱之一。